Στις 25 Μαϊου, ημέρα Παρασκευή, του 1918, ιδρύεται η 2η Ομάδα Προσκόπων, από μαθητές του Βαρβακείου Λυκείου, με αρχηγό τον καθηγητή τους της Γυμναστικής, στο Γυμναστήριο του Εθνικού Συλλογου, Άγγελο Φέτση.
Την ιδρυτική πράξη, υπογράφουν ο Άγγελος Φέτσης, ο υπαρχηγός του και συνιδρυτής Γιώργος Βλάχος και 33 παιδιά, από 12-16 ετών.
Αρχικά την συγκροτούσαν μία ομάδα Προσκόπων και μία Ναυτοπροσκόπων, με τον χαρακτηριστικό αριθμό 9, καθώς και ένα Τμήμα Μαθητευομένων (7-12 ετών), που αποτελούσε τον πρόδρομο των σημερινών Λυκοπούλων.
Το 1921, με απόφαση του Σώματος Ελλήνων Προσκόπων (Σ.Ε.Π.), δημιουργείται επίσημα η ειδικότητα των Ναυτοπροσκόπων και έτσι η 2η ΟΜΑΔΑ, συνεχίζει ως Β' Σύστημα Προσκοπικών Ομάδων με την 9η Ομάδα Ναυτοπροσκόπων και την 9η Ομάδα Προσκόπων.
Στην 9η Ομάδα Ναυτοπροσκόπων, εντάχθηκαν εκείνα τα παιδιά που ήθελαν να ασχολούνται περισσότερο με δραστηριότητες σχετικές με την θάλασσα.
Από το 1933 και πάλι με απόφαση του Σ.Ε.Π. οι Μαθητευόμενοι, ονομάζονται Λυκόπουλα και το 9ο ήταν από τα πρώτα Συστήματα στην Ελλάδα, που υιοθετούν τον νέο θεσμό - κλάδο.
Το 1936, βαθμοφόροι και παιδιά της 9ης Ομάδας Προσκόπων που ήθελαν να ασχοληθούν με δραστηριότητες, που δεν αφορούσαν τις σχετικές με την Ναυτοπροσκοπική ειδικότητα, ιδρύουν το 9ο ΣΥΣΤΗΜΑ ΠΡΟΣΚΟΠΩΝ ΑΘΗΝΩΝ, που λειτουργεί αυτόνομα στην περιοχή της Κυψέλης, μέχρι το 1995, όπου διαλύεται λόγω δυσμενών συνθηκών.
Η 9η ΟΜΑΔΑ συνεχίζει ως 9ο ΣΥΣΤΗΜΑ ΝΑΥΤΟΠΡΟΣΚΟΠΩΝ ΑΘΗΝΩΝ
Το 1939, το Σ.Ε.Π. διαλύεται από την δικτατορία Μεταξά.
Τον Μάϊο του 1941, το 9ο επανιδρύεται και συνεχίζει, «παράνομα», την δραστηριότητα του, κατά την διάρκεια της Γερμανικής Κατοχής.
Στην περίοδο αυτή, την περίοδο της «παρανομίας», οι βαθμοφόροι και τα παιδιά της «Ενάτης», πέραν από το προσκοπικό τους πρόγραμμα (από σπίτι σε σπίτι), προσφέρουν κοινωνικό έργο με συμμετοχή τους σε διανομή συσσιτίου και άλλες δράσεις του ΕΡΥΘΡΟΥ ΣΤΑΥΡΟΥ και άλλων φορέων.
Παράλληλα λειτουργεί με βαθμοφόρους του στην Αίγυπτο, που βρέθηκαν εκεί ως αξιωματικοί του Ελληνικού Στρατού ή ως στελέχη της εξόριστης Κυβέρνησης.
Με την απελευθέρωση το 1944, το Σύστημα λειτουργεί κανονικά.
Το 1945, ιδρύεται από το 9ο, ο κλάδος των Ανιχνευτών (για έφηβους 16-18 ετών), όπου στην συνέχεια υιοθετείται η ιδέα από το Σ.Ε.Π. και θεσμοθετείται Πανελλήνια.
Τα πρώτα χρόνια από την ίδρυση του, το 9ο είχε ως έδρα το κέντρο της Αθήνας (οδός Ξενοφώντος) και στην συνέχεια από την δεκαετία του 1920, λειτουργεί στην ενορία του Αγίου Γεωργίου της Κυψέλης.
Από το 1969, στεγάζεται σε κτίριο που παραχωρήθηκε από το Δημόσιο, στην Άνω Κυψέλη (Νικάνορος 2 & Βελβενδού).